No início dos anos 1980, com a decadência da navegação no São Francisco, o vapor passou a ser utilizado em passeios turísticos e as viagens tornaram-se cada vez menos frequentes. Em 1º de agosto de 1985, dado seu valor histórico-cultural, o Benjamim foi tombado pelo Instituto Estadual do Patrimônio Histórico e Artístico (Iepha-MG), fundação vinculada à Secretaria de Estado de Cultura de Minas Gerais.
No mesmo ano, já bastante deteriorado pela ação do tempo, recebeu a primeira reforma. Após concluída a restauração, o vapor voltou a navegar oficialmente em 24 de outubro de 1986, data marcada por uma cerimônia com a presença do então ministro dos Transportes José Reinaldo Tavares.
Em julho de 1987, a Empresa Unitour ficou responsável pelo agenciamento de viagens turísticas no trecho Pirapora-São Francisco-Pirapora, totalizando 460 km, atraindo turistas de todo o Brasil. Foram reiniciados, também, os passeios aos sábados, com duração de três horas, promovidos pelos principais hotéis da cidade.
Em 1995, o vapor apresentou falhas na caldeira e no casco e, por motivo de segurança, foi interditado pela Capitania dos Portos de Minas Gerais, que conta com uma sede em Pirapora. Em 29 de janeiro de 1997, o Benjamim foi incorporado ao Patrimônio Histórico do Município de Pirapora, através de Termo de Transferência firmado entre a Franave e a prefeitura.
Atracado no porto da Franave por quase dez anos, o Vapor Benjamim Guimarães voltou a navegar nas águas do rio São Francisco na manhã de 11 de agosto de 2004, após passar por uma segunda recuperação – reforma e restauração, realizada pela Franave/Ministério dos Transportes, com supervisão do Instituto Estadual de Patrimônio Histórico e vistoria técnica da Capitania Fluvial do São Francisco (CFSF).
O engenheiro naval Odair Sanguino, do Rio de Janeiro, foi o responsável pela coordenação dos trabalhos de recuperação, recebendo o auxílio do restaurador Aílton Batista da Silva e do arquiteto Joacir Silva Concelos, profissionais lotados no Instituto Estadual de Patrimônio Histórico.
Nesses passeios eram oferecidas música ao vivo e comidas preparadas pelos melhores cozinheiros do Hotel Canoeiros, vindo a receber grandes autoridades nesse local. A partir de agosto de 2014, o barco ficou atracado no porto da Capitania Fluvial do São Francisco, pois a licença de tráfego não foi concedida por falta de reforma.
Em 2017, o Ministério Público do Estado de Minas Gerais entrou na Justiça cobrando que o município de Pirapora restaurasse o vapor, bem como o pagamento das multas no valor de R$ 1 milhão por descumprimento de cláusulas previstas no Termo de Ajustamento de Conduta assinado em 2013, que tinham o intuito de preservar o barco da deterioração.
Durante a vistoria foram detectados “deficiência no chapeamento, rasgos e furos no casco”. Em setembro de 2019, durante visita do governador Romeu Zema, foi anunciado que duas empresas interessadas na licitação realizaram visitas à embarcação e solicitaram alteração na planilha de custo, visto que a reforma inclui itens não orçados anteriormente.
Em dezembro de 2019 foi anunciado pelo Ministério do Turismo e Secretaria de Estado de Cultura e Turismo um convênio para recuperação do vapor no valor de R$ 3,7 milhões. A previsão inicial era a de que a reforma durasse 12 meses. As obras compreendem a substituição total do casco, restauração do motor e parte superior da embarcação, feita de madeira, e reparos no mobiliário. O barco permaneceu atracado até novembro de 2020.
Em novembro de 2020, o Benjamim Guimarães voltou aos holofotes dos jornais durante a sua retirada do rio São Francisco. Durante a operação, houve dano em parte do casco, que está sendo totalmente trocado, devido à rampa íngreme pela qual o barco foi içado, causando alagamento em parte da embarcação. Houve grande comoção popular e divulgação de que a empresa havia danificado e inutilizado o vapor. Mas as obras seguem, muitos especialistas confirmaram que o casco cederia de qualquer forma, devido ao grande peso e condições da madeira do vapor.